Málið átti eftir að reynast umdeilt og lýstu meðlimir í Félagi akademískra starfsmanna við Háskólann á Bifröst yfir vantrausti á stjórnsýslu Margrétar. Bentu gögn til að Margrét, auk deildarstjóra og rannsóknarstjóra við skólann, hefðu notað gervigreindarmállíkan til að meta réttmæti höfundarstöðu á vísindagreinum hjá starfsmönnunum þremur.
Siðanefnd skólans átti síðar eftir að hreinsa þá af sök en nemendur við skólann gagnrýndu sömuleiðis stjórnarhætti Margrétar.
Margrét er skipuð frá 1. ágúst til fimm ára. Áður en hún tók við stöðu rektors var hún í átta ár hjá Háskólanum í Reykjavík sem lektor, dósent og forstöðumaður alþjóðasviðs. Þá starfaði hún áður í tæp átta ár sem lektor og skorarformaður í Háskóla Íslands auk þess að hafa kennt spænsku við Kvennaskólann í Reykjavík, Menntaskólann í Reykjavík og Verzlunarskóla Íslands. Greint er frá skipun hennar í tilkynningu frá Stjórnarráðinu.
Margrét er þar sögð vera með MBA-gráðu í stjórnun frá Háskóla Íslands auk doktorsgráðu í spænsku máli og bókmenntum frá Princeton University. Hún er með kennsluréttindi og lauk grunnnámi í spænsku við Háskóla Íslands.
Alls sóttu sjö um embætti skólameistara Fjölbrautarskólans í Breiðholti og voru umsækjendur eftirfarandi:
- Elvar Jónsson, leiðtogi farsældar barna
- Guðmundur Stefán Gunnarsson, kennari og íþróttafræðingur
- Harpa Jörundardóttir, framhaldsskólakennari og sérfræðingur
- Hrafnhildur Hafberg, framhaldsskólakennari, alþjóðafulltrúi og kynningarstjóri
- Margrét Jónsdóttir Njarðvík, fyrrverandi rektor
- Nanna Kristjana Traustadóttir, sérfræðingur
- Víðir Stefánsson, aðstoðarskólameistari
